澳門特別行政區的海關事務現時基本是由多個行政實體所組成，包括水警稽查局、經濟局、統計暨普查局和郵政局。
簡言之，現時的海關事務屬一個分散的系統，因為沒有一個主要和專責行使海關職能的機構。儘管水警稽查局和經濟局具有一系列屬海關事務性質的職責，但是不可視之為次要的。
鑑於《澳門特別行政區基本法》規定，更具體而言，以《政府組織綱要法》（第2/1999號法律）落實修改現時的海關系統。換言之，通過海關的設立，使之成為唯一且主要為履行海關職能的機關，並由一位主要負責人領導。
本法案之目的在於設立一個專責海關事務的機關，以加強澳門特別行政區與世界市場的聯繫和提高澳門特別行政區的競爭能力。同時簡化清關手續、更有效地預防和遏止不法的販運活動和關務欺詐、保護知識和工業產權、向經濟參與人提供有質量的海關服務，以及確保公共秩序。
立法會根據《澳門特別行政區基本法》第七十一條（一）項，制定本法律。
一、根據第2/1999號法律第六條第四款的規定，設立中華人民共和國澳門特別行政區海關（以下簡稱“海關”）。
二、海關為澳門特別行政區的一個具有行政自治權的公共機關。
三、海關主要負責領導、執行和監察與關務政策有關的措施，並負責關務管理和監督等具警務性質的職務。
海關的職責為：
（一） 預防、打擊和遏止關務欺詐行為；
（二） 致力預防和遏止不法販運活動；
（三） 致力監管和發展對外貿易活動，加強澳門特別行政區在國際上的信譽；
（四） 根據法例，確保對知識產權和工業產權的保護；
（五） 致力履行澳門特別行政區在海關範疇內承擔的國際義務；
（六）致力保護人身和財產安全，妥善執行澳門特別行政區的內部保安政策；
（七）參與澳門特別行政區的民防工作，並在緊急情況中參與行動。
一、在關務範圍內，海關的權限為：
（一）為制定澳門特別行政區海關政策而進行有關研究，並組織和提供有關的資料；
（二）監管和檢查經澳門特別行政區進出和轉運的交通工具，貨物，旅客及其行李，保證清關手續的遵守，並執行由其負責的技術性監管工作；
（三）監察經公共或私人郵政經營人以郵遞方式寄出和寄入澳門特別行政區的物品；
（四）確保有權限實體對進口和轉口貨物的衛生和植物衛生進行監管。
二、在知識產權和工業產權範圍內，海關的權限為：
（一）根據法例，為確保保護知識產權和工業產權的制度獲得遵守而進行所需的活動；
（二）監察在澳門特別行政區製造的產品的生產程序、工商業活動和工商業場所；
（三）根據關於保護知識產權和工業產權的法例，科處處罰。
三、在對外貿易活動範圍內，海關的權限為：
（一）為預防和遏止不法販運活動，以及為預防、打擊和遏止關務欺詐行為而進行所需的活動，以及進行為達此目的所需的數據和資料處理工作；
（二）在上項所指活動範圍內，尤其透過行政互助方式與澳門特別行政區其他公共部門和公共實體合作，以及透過國際互助方式與其他海關管理機關合作；
（三）收集和核實專責實體進行對外貿易統計編製工作所需的文件所載的資料；
（四）關注澳門對外貿易貨物分類協調制度的適用，並就貨物分類的事宜提出意見和建議；
（五）負責向經濟參與人和團體提供適當資料，以解釋海關的職責和權限。
四、在海關國際關係範圍內，海關的權限為：
（一）確保澳門特別行政區參與世界海關組織的事務和其他關務事宜的國際組織的事務；
（二）就海關方面的公約、協定和其他規範性文書進行研究和提出意見，以及跟進該等法規的執行情況，並評估其在澳門特別行政區適用所帶來的後果；
（三）參與和舉辦關於海關事宜的國際性或地區性會議。
五、在澳門特別行政區內部保安範圍內，海關的權限為：
（一）監察對海事法律和規章的遵守，以助海事當局行使其權力；
（二）監察海事和港口活動；
（三）負責在海事管理範圍和澳門特別行政區各對外口岸的巡邏；
（四）預防非法移民活動；
（五）在海事管理範圍內，確保對法例的遵守，尤其是關於小販的經營、公共衛生、勞動關係、使用通訊工具的法例；
（六）負責移走在海事管理範圍發現的人的屍體；
（七）在澳門特別行政區內部保安和民防範圍內，與澳門保安部隊及其他公共部門和公共實體合作。
一、在行使上條第一款（三）項所指權限時，海關可以：
（一）在有理由懷疑時，開啟或命令開啟郵袋或郵政封包；
（二）在有理由懷疑時，根據刑事訴訟法的規定，開啟郵件，以確保其合法性。
二、在不損壞郵件內的物品的情況下，上款所指程序由海關關員在郵政經營人的有權限工作人員面前進行，此外，亦可要求由寄件人或收件人開啟郵件或在其到場的情況下檢查郵件。
一、海關在履行職責時，可對進行財貨或服務的各種生產、中間貿易或銷售活動的所有地點，包括物品生產單位、倉庫、辦公室和商業場所進行監察。
二、所有自然人或法人應與海關關員合作以方便其行使本身的職能，並應海關關員的要求出示文件和提供資料。
三、法律規定有義務讓海關關員在行使其職能時進入或逗留於受監察地點者，如阻止之，即構成《刑法典》第三百一十二條所指的犯罪，並依該條的規定處罰。
一、海關關長為《澳門特別行政區基本法》第五十條（六）項所指的海關主要負責人，對行政長官負責，但不影響透過行政法規將權限授予保安司司長而產生的監管權。
二、海關由海關關長領導，而海關關長則由副海關關長和助理海關關長輔助。
三、海關關長對擔任海關各機關和組織附屬單位的領導和主管的人員直接行使指揮和領導權。
四、海關關長擁有擔任海關各機關和組織附屬單位的領導和主管的人員所具有的紀律懲戒權限，而該權限是在獲授權或獲轉授權的範圍內行使。
海關關長不在或因故不能視事時，其職務由保安司司長兼任。
一、海關人員由海關關員和文職人員組成。
二、海關關員由法律通過的《海關關員通則》規範。
三、文職人員由公職的一般制度規範。
一、海關關長具有刑事警察當局的身份。
二、海關關員在行使監察、巡邏和刑事偵查職能時，被視為刑事警察機關，而司法當局授權的刑事訴訟行為，則由為此目的而指派的海關關員作出。
海關人員須服從關於司法保密的法律規定，並須遵守職業上的保密；在任何情況下均不得洩露行使其職能時所知悉的生產或商業秘密，以及任何商業經營程序。
一、具有刑事警察機關身份的人員，經海關關長的許可，均有權持有、使用和攜帶槍械，只要該槍械屬官方所配給者。
二、上款所指人員因持有、使用和攜帶槍械而應負的特別義務由《海關關員通則》訂定。
在《海關關員通則》生效前，轉入海關關員編制的人員由《澳門保安部隊軍事化人員通則》規範。
一、第十六條所指行政法規一經生效，水警稽查局即行撤銷。
二、賦予原水警稽查局的權限，改由海關行使，在現行法例中對水警稽查局的提述，均視為對海關的提述。
目前撥配予水警稽查局的物資、不動產和其他資源，轉撥予海關。
一、行政長官以批示方式，在本年度的澳門特別行政區預算（下稱二零零一年度預算）內，為海關的預算設立一章?第二十一章，並由行政長官以批示規範之。
二、因人員的轉入和海關的運作而產生的財政負擔，由本財政年度給予海關的撥款承擔。
三、為適用上款的規定，二零零一年度預算的開支表中關於海關及水警稽查局撥款的第一章和第二十八章內現存的結餘，轉移至關於海關的章節內。
海關的組織和運作由行政法規制定。
一、八月十六日第43/99/M號法令第二百一十七條修改為：
海關有權限就本章所指違法行為科處罰款。
二、九月二十七日第51/99/M號法令內所述的“經濟司”和“經濟司司長”分別以“海關”和“海關關長”取代。
三、在上款所指法規第二十五條第一款內，刪除“透過經濟活動稽查廳”的表述。
四、經十二月十三日第97/99/M號法令核准的《工業產權法律制度》的第二百八十五條，修改為：
一、上條所指監察權限，屬海關所有，但不影響法律賦予刑事警察機關和其他實體的權限。
二、為履行本身的監察職務，海關可尋求其他實體提供協助及參與有關監察工作。
五、上款所指法律制度的第二百八十八條第一款修改為：
一、如某一當局或當局的人員目睹任何違反本法規的行為，應製作或命令製作實況筆錄，並將之送交海關。
六、第四款所指法律制度的第三百零九條第三款及其ａ項修改為：
三、如不能以第一款所指的任一方式作出通知，則由海關關長決定以最適合具體個案的下列任一方式代替：
ａ） 在《澳門特別行政區公報》內公佈有關告示，公示期間為三十日，並張貼兩份告示，一份貼於海關，一份貼於倘知悉的違法者最後居所或最後職業住所；
七、第四款所指法律制度的第三百一十條修改為：
一、組成與本章所指行政上的違法行為有關的卷宗的權限，屬海關所有。
二、科處行政處罰的權限，屬海關關長所有。
八、經十二月二十一日第59/98/M號法令修改後的十二月十八日第66/95/M號法令賦予經濟局對貨物監察的權限、以及就行政上的違法行為提起程序和科處罰款的權限，改屬海關所有，但有關屬證明產地來源證的權限除外。
一、第十六條所指行政法規生效後，廢止一切與本法律相抵觸的法例，尤其廢止：
（一） 一月三十日第2/95/M號法令；
（二） 十二月十八日第66/95/M號法令第十三條第二款；
（三） 四月七日第12/97/M號法令；
（四） 十一月二十四日第51/97/M號法令第三條第一款和表一；
（五） 十一月二十九日第88/99/M號法令第十一條第一款。
二、對於原賦予水警稽查局但現因第十三條第二款的規定而改由海關行使的權限的法例，不適用上款的規定。
一、在不妨礙下款規定的情況下，本法律自公佈後翌月的首日起生效。
二、第十七條的規定自第十六條所指行政法規生效後產生效力。
二零零一年 月 日通過。
二零零一年 月 日簽署。
命令公佈。